Sus orígenes del Santuario de Chapi se remontan aproximadamente al siglo XVIII. No hay certeza de quiénes trajeron la imagen de la Virgen Chapi desde España. Probablemente fueron los misioneros franciscanos a principios del siglo XVIII ya que éstos tenían a su cargo el curato de Pocsi del cual Chapi era una de sus capillas. También puede que la hayan traído los misioneros jesuitas quienes estaban establecidos en Moquegua desde el año 1709. La primera vez que aparece el nombre de Chapi en un documento histórico es en 1655. No se hace referencia a imagen o capilla de la Virgen sino solo a un «vallecillo» de poca extensión: «…se vendiesen a Españoles y otras personas y en particular un vallecillo de los de otro repartimiento de Pocsi tienen llamado Chapi. Aprox. 116’573 peregrinos llegan a los pies de la Santísima.
Archivo Departamental de Arequipa. Sección histórica .-Corregimiento; asuntos Administrativos (18 de enero de 1655).
El canónigo Presbítero Leónidas Bernedo Málaga (que fue párroco de Quequeña y además historiador, cita documentos históricos que no se han podido encontrar aún. Pero de ellos hace mención de que en agosto de 1795 hizo un viaje por el valle de Chapi el Sr. Francisco Gómez, Agrimensor público del rey y teniente de cosmógrafo mayor del reino. En este viaje el Sr. Gómez da cuenta de la imagen de la Virgen de la Candelaria que allí se venera y que fue traída desde Paranay en 1743). Otro documento que atestigua la existencia del valle de Chapi es una relación legalizada dela visita que hiciera el gobernador Intendente y Vice-Patrón real; Don Antonio Álvarez Jiménez el 22 de septiembre de 1791. En esta visita no habla de la imagen de la virgen de la Candelaria pero sí del lugar donde se encuentra el Ayllu de Chapi que es el lugar que actualmente se llama «Capilla Vieja» situado a unos 6 kilómetros quebrada abajo. Este lugar era un ayllu de buen clima, y un lugar adecuado para la permanencia de los párrocos encargados de la zona. Este ayllu pertenece a Moquegua (ya que el límite de las regiones está entre la Capilla Vieja y el actual Santuario).